La plateforme "Bordeaux Metabolome" fédère les outils et les savoir-faire pour l'étude du métabolome et la mesure de flux métaboliques. Elle est principalement dédiée à l'étude des plantes et des produits dérivés.
Elle réalise:
- des prestations de réalisation d'analyses
- des développements technologiques
- de la mise à disposition d'équipement (après formation)
Réalisation d’analyses
Les échantillons sont fournis à la Plateforme "Bordeaux Metabolome" sous la forme spécifiée dans la Liste des Prestations ou dans la Fiche Prestation.
Phénotypage biochimique d’échantillons végétaux
- Dosages robotisés en microplaques: protéines totales, amidon, saccharose, glucose, fructose, malate, fumarate (sous réserve), citrate, acides aminés libres totaux, glutamate, proline, chlorophylles a et b (à partir d’une extraction)
- Quantification d’acides aminés par UHPLC-fluorimétrie
- Analyse de composés phénoliques (HPLC-UV/Visible, LC-MS ion trap, LC-NMR)
Profils métabolomiques-Métabolome d’échantillons végétaux
- Quantification des métabolites polaires majeurs par RMN-1H d’extraits polaires
- Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par RMN-1H d’extraits polaires
- Profils lipidiques-Lipidome d’échantillons végétaux
Analyse de lipides (phospholipides, lipides neutres, sphingolipides…)
- Analyse et quantification des acides gras par GC-FID ou GC-MS
- Analyse et quantification des lipides par GC-FID, GC-MS ou TLC
- Analyse des cires et polymères lipidiques par GC-MS et GC-FID
- Quantification relative de sphingolipides de plantes par LC-MS
- Réalisation et analyse de profils lipidomiques par MS/MS et LC-Qtrap-MS
Identification de composés
- Analyses structurales de composés phénoliques (MS et RMN)
Etude du métabolisme
- Mesures robotisées d’enzymes du métabolisme central (glycolyse, TCA, Calvin-pentoses phosphates, saccharose, assimilation de l’azote)
- Réalisation de spectres RMN pour la mesure d’enrichissements isotopiques C13 sur des fractions, pour la mesure de flux métaboliques
Développements technologiques - R&D
- Robotisation des broyages et pesées des échantillons,
- Obtention de signatures métaboliques rapides par RMN du proton à haut débit,
- Développements en RMN 2D ultrafast et RMN 13C, en collaboration,
- Analyse MS quantitative d’intermédiaires du métabolisme central
- Approche lipidomique pour des échantillons végétaux,
- Transfert des mesures à très haut débit de phénotypage biochimique à différents modèles,
- Alimentation d’une bibliothèque / base de données de spectres de composés de référence,
- Identification de composés par LC-SPE-RMN et RMN multidimensionnelle,
- Outils bioinformatiques pour le retraitement, la gestion et le partage de spectres RMN,
- Outils pour la gestion, le partage et l’analyse des données.
Mise à disposition d’équipements
- Mise en autonomie préalable des utilisateurs puis accompagnement
- Mise à disposition de plus de 10 équipements:
Approche | Désignation de l'équipement |
---|---|
Métabolomique-Profils métaboliques haute-densité |
|
Phénotypage métabolique haut-débit |
|
Lipidomique |
|
Polyphénols-Identification structurale |
|
Prestations connexes
Expertise et analyse des résultats
Titre des open data | Type de données | Base de données | Identifiant | Publication correspondante ou auteurs du set de données |
Targeted metabolomics, enzymatic and ion data | Recherche Data Gouv |
DOI: 10.15454/BL3GYM |
Poucet et al. The Plant Journal (2022)https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03855200 |
|
Metabolomic responses of maize leaf to progressive controlled chilling |
NMR and LC-MS datasets and metadata |
Data INRAE |
DOI:10.15454/F2CZ1RDOI:10.15454/J9KO72 |
Urrutia et al. Plant, Cell & Environment (2021)https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pce.13993 |
NMR and LC-MS datasets and metadata |
Data INRAE |
DOI:10.15454/RCGZZRDOI:10.15454/IFPJAPDOI:10.15454/YVKQRW |
Musseau et al. Plant Cell (2020) 32:3188http://www.plantcell.org/content/early/2020/08/04/tpc.20.00245 |
|
1H-NMR spectra |
INRA Dataverse |
DOI:10.15454/ERCVZR |
Deborde et al. Metabolomics (2019) 15:28https://link.springer.com/article/10.1007/s11306-019-1488-3 |
|
LC-MS and NMR datasets |
Zenodo |
DOI:10.5281/zenodo.1097409 |
Bernillon et al. (2018) Metabolomics 14:36https://doi.org/10.1007/s11306-018-1329-9 |
|
1H NMR spectra |
Zenodo |
DOI:10.5281/zenodo.1423124 |
Roques et al. Metabolomics (2018) 14:155https://doi.org/10.1007/s11306-018-1454-5 |
|
Plasma NMR metabolomic of rainbow trout fed diets with marine and plant ingredients |
1H NMR spectra & biochemical datasets |
Zenodo |
DOI:10.5281/zenodo.1035257 |
Gatesoupe et al. Aquaculture Nutrition (2018) 24:1563https://doi.org/10.1111/anu.12793 |
1H-NMR spectra & Quantitative data |
MERY-B |
M13001 |
Lamari et al. Metabolomics (2018) 14:132https://doi.org/10.1007/s11306-018-1427-8 |
|
Quantitative metabolic profiles of tomato flesh and seeds during fruit development |
1H-NMR spectra & Quantitative data |
Metabolights |
MTBLS56 |
Mounet et al. Metabolomics (2007) 3:273https://doi.org/10.1007/s11306-007-0059-1 |
La Plateforme "Bordeaux Metabolome" encourage le partage des spectres et données dans des dépôts de référence comme MetaboLights, zenodo ou Data INRAE. Ceci peut faire l'objet de conseils ou d'un accompagnement par la Plateforme lors de la soumission des données.
Rendu des résultats et confidentialité
Les résultats sont communiqués à l’utilisateur sous format papier ou électronique. Sans réponse sous 10 jours de la part de l’utilisateur, le rendu est considéré comme accepté et la prestation comme terminée mais le personnel de la Plateforme reste à disposition des utilisateurs pour répondre aux questions, ou aider à la valorisation des résultats et la diffusion des données.
La Plateforme "Bordeaux Metabolome" met tout en œuvre pour:
-
Garantir un niveau de performance des appareils grâce à un programme de maintenance et un suivi régulier,
-
Accompagner les utilisateurs (étude de faisabilité, mise en autonomie sur les équipements mis à disposition, réalisation en interaction, expertise),
-
Assurer la sauvegarde des données brutes pendant la durée des réalisations.