La plateforme "Bordeaux Metabolome" fédère les outils et les savoir-faire pour l'étude du métabolome et la mesure de flux métaboliques. Elle est principalement dédiée à l'étude des plantes et des produits dérivés.

Elle réalise:

• des prestations de réalisation d'analyses
• des développements technologiques
• de la mise à disposition d'équipement (après formation)

 

Réalisation d’analyses

 

Les échantillons sont fournis à la Plateforme "Bordeaux Metabolome" sous la forme spécifiée dans la Liste des Prestations ou dans la Fiche Prestation.

  

 

Phénotypage biochimique d’échantillons végétaux

• Dosages robotisés en microplaques: protéines totales, amidon, saccharose, glucose, fructose, malate, fumarate (sous réserve), citrate, acides aminés libres totaux, glutamate, proline, chlorophylles a et b (à partir d’une extraction)
• Quantification d’acides aminés par UHPLC-fluorimétrie
• Analyse de composés phénoliques (HPLC-UV/Visible, LC-MS ion trap, LC-NMR)

Profils métabolomiques-Métabolome d’échantillons végétaux 

• Quantification des métabolites polaires majeurs par RMN-1H d’extraits polaires
• Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par RMN-1H d’extraits polaires
• Profils lipidiques-Lipidome d’échantillons végétaux

Analyse de lipides (phospholipides, lipides neutres, sphingolipides…)

• Analyse et quantification des acides gras par GC-FID ou GC-MS
• Analyse et quantification des lipides par GC-FID, GC-MS ou TLC
• Analyse des cires et polymères lipidiques par GC-MS et GC-FID
• Quantification relative de sphingolipides de plantes par LC-MS
• Réalisation et analyse de profils lipidomiques par MS/MS et LC-Qtrap-MS

Identification de composés

• Analyses structurales de composés phénoliques (MS et RMN)

Etude du métabolisme 

• Mesures robotisées d’enzymes du métabolisme central (glycolyse, TCA, Calvin-pentoses phosphates, saccharose, assimilation de l’azote)
• Réalisation de spectres RMN pour la mesure d’enrichissements isotopiques C13 sur des fractions, pour la mesure de flux métaboliques

Développements technologiques - R&D

• Robotisation des broyages et pesées des échantillons,
• Obtention de signatures métaboliques rapides par RMN du proton à haut débit,
• Développements en RMN 2D ultrafast et RMN 13C, en collaboration,
• Analyse MS quantitative d’intermédiaires du métabolisme central
• Approche lipidomique pour des échantillons végétaux,
• Transfert des mesures à très haut débit de phénotypage biochimique à différents modèles,
• Alimentation  d’une bibliothèque / base de données de spectres de composés de référence,
• Identification de composés par LC-SPE-RMN et RMN multidimensionnelle,
• Outils bioinformatiques pour le retraitement, la gestion et le partage de spectres RMN,
• Outils pour la gestion, le partage et l’analyse des données.

 

Mise à disposition d’équipements 

• Mise en autonomie préalable des utilisateurs puis accompagnement
• Mise à disposition de plus de 10 équipements:

 

Approche	Désignation de l'équipement
Métabolomique-Profils métaboliques haute-densité	LCMS MicrOTOf-Q (Bruker) UHPLC-LTQ/Orbitrap (Thermo) UHPLC-Fluo-DAD (Dionex) Spectromètre RMN 500 MHz AVANCE III (Bruker) pH mètre pour extraits pour profils métaboliques ou métabolomiques par RMN (Mettler Toledo) Robot Titration BTpH
Phénotypage métabolique haut-débit	Robots de pipetage Starlet (Hamilton) Lecteurs de microplaques (Safas) Lecteur de microplaques Fluo Xenius (Safas) Broyeur Tissue Lyser II (Retsch) Capper-Decapper pour bouchons à vis (Hamilton) Broyeur Geno-grinder (2 équipements)
Lipidomique	ADC2 (Camag) Robots de dépôts automatiques (Camag Linomat IV ou V) Couplage GC-FID (2 équipements) (Agilent) Couplage GC-MS (Agilent) Couplage UHPLC-LTQ/Orbitrap (Thermo)
Polyphénols-Identification structurale	Spectromètre RMN 600 MHz Avance III (Bruker) avec interface LC et SPE LC-MSn ion-trap (Bruker) Spectromètre UV-Vis CARY 300 (Varian)

 

Prestations connexes

Expertise et analyse des résultats

Exemples d'open data produits sur la Plateforme

Titre des open data	Type de données	Base de données	Identifiant	Publication correspondante ou auteurs du set de données
Impaired cell growth under ammonium stress explained by modeling the energy cost of vacuole expansion in tomato leaves	Targeted metabolomics, enzymatic and ion data	Recherche Data Gouv	DOI: 10.15454/BL3GYM	Poucet et al. The Plant Journal (2022) https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03855200
Metabolomic responses of maize leaf to progressive controlled chilling	NMR and LC-MS datasets and metadata	Data INRAE	DOI:10.15454/F2CZ1R DOI:10.15454/J9KO72	Urrutia et al. Plant, Cell & Environment (2021) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/pce.13993
Metabolome of tomato fruit pericarp of gbp1-c CRISPR mutant	NMR and LC-MS datasets and metadata	Data INRAE	DOI:10.15454/RCGZZR DOI:10.15454/IFPJAP DOI:10.15454/YVKQRW	Musseau et al. Plant Cell (2020) 32:3188 http://www.plantcell.org/content/early/2020/08/04/tpc.20.00245
1H-NMR profiling of wheat spikelet samples	1H-NMR spectra	INRA Dataverse	DOI:10.15454/ERCVZR	Deborde et al. Metabolomics (2019) 15:28 https://link.springer.com/article/10.1007/s11306-019-1488-3
Maize grains and maize grain-based diets dataset	LC-MS and NMR datasets	Zenodo	DOI:10.5281/zenodo.1097409	Bernillon et al. (2018) Metabolomics 14:36 https://doi.org/10.1007/s11306-018-1329-9
Representative 1H NMR spectra of extract of trout feed	1H NMR spectra	Zenodo	DOI:10.5281/zenodo.1423124	Roques et al. Metabolomics (2018) 14:155 https://doi.org/10.1007/s11306-018-1454-5
Plasma NMR metabolomic of rainbow trout fed diets with marine and plant ingredients	1H NMR spectra & biochemical datasets	Zenodo	DOI:10.5281/zenodo.1035257	Gatesoupe et al. Aquaculture Nutrition (2018) 24:1563 https://doi.org/10.1111/anu.12793
Maize leaf, field conditions, AMAIZING project	1H-NMR spectra & Quantitative data	MERY-B	M13001	Lamari et al. Metabolomics (2018) 14:132 https://doi.org/10.1007/s11306-018-1427-8
Quantitative metabolic profiles of tomato flesh and seeds during fruit development	1H-NMR spectra & Quantitative data	Metabolights	MTBLS56	Mounet et al. Metabolomics (2007) 3:273 https://doi.org/10.1007/s11306-007-0059-1

La Plateforme "Bordeaux Metabolome" encourage le partage des spectres et données dans des dépôts de référence comme MetaboLights, zenodo ou Data INRAE. Ceci peut faire l'objet de conseils ou d'un accompagnement par la Plateforme lors de la soumission des données.

 

Rendu des résultats et confidentialité

Les résultats sont communiqués à l’utilisateur sous format papier ou électronique. Sans réponse sous 10 jours de la part de l’utilisateur, le rendu est considéré comme accepté et la prestation comme terminée mais le personnel de la Plateforme reste à disposition des utilisateurs pour répondre aux questions, ou aider à la valorisation des résultats et la diffusion des données.

La Plateforme "Bordeaux Metabolome" met tout en œuvre pour:

• Garantir un niveau de performance des appareils grâce à un programme de maintenance et un suivi régulier,

• Accompagner les utilisateurs (étude de faisabilité, mise en autonomie sur les équipements mis à disposition, réalisation en interaction, expertise),

• Assurer la sauvegarde des données brutes pendant la durée des réalisations.

La Plateforme a une obligation de moyens mais non de résultats. Elle ne pourra donc pas être tenue pour responsable notamment des erreurs commises par les utilisateurs ou de l'arrêt inopiné des équipements.

Confidentialité : La Plateforme s’engage à ne divulguer aucune information relative au projet autre que le nom de l’utilisateur, son unité d’origine et le titre du projet.