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Réalisations

 

La plateforme MetaboHub - Bordeaux fédère les outils et les savoir-faire pour l'étude du métabolome et la mesure de flux métaboliques. Elle est principalement dédiée à l'étude des plantes et des produits dérivés.

Elle réalise:

  • des prestations de réalisation d'analyses
  • des développements technologiques
  • de la mise à disposition d'équipement (après formation)

 

Réalisation d’analyses

 

Les échantillons sont fournis à la Plateforme Métabolome sous la forme spécifiée dans la Liste des Prestations ou dans la Fiche Prestation. (Télécharger la Liste des Prestations)

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Phénotypage biochimique d’échantillons végétaux

  • Dosages robotisés en microplaques: protéines totales, amidon, saccharose, glucose, fructose, malate, fumarate (sous réserve), citrate, acides aminés libres totaux, glutamate, proline, chlorophylles a et b (à partir d’une extraction)
  • Quantification d’acides aminés par UHPLC-fluorimétrie
  • Analyse de composés phénoliques (HPLC-UV/Visible, LC-MS ion trap, LC-NMR)

Profils métabolomiques-Métabolome d’échantillons végétaux 

  • Quantification des métabolites polaires majeurs par RMN-1H d’extraits polaires
  • Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par RMN-1H d’extraits polaires
  • Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par LC-QqTOF-MS d’extraits semi-polaires
  • Profils lipidiques-Lipidome d’échantillons végétaux

Analyse de lipides (phospholipides, lipides neutres, sphingolipides…)

  • Analyse et quantification des acides gras par GC-FID ou GC-MS
  • Analyse et quantification des lipides par GC-FID, GC-MS ou TLC
  • Analyse des cires et polymères lipidiques par GC-MS et GC-FID
  • Réalisation et analyse de profils lipidomiques par MS/MS et LC-Qtrap-MS

Identification de composés

  • Analyses structurales de composés phénoliques (MS et RMN)

Etude du métabolisme 

  • Mesures robotisées d’enzymes du métabolisme central (glycolyse, TCA, Calvin-pentoses phosphates, saccharose, assimilation de l’azote)
  • Réalisation de spectres RMN pour la mesure d’enrichissements isotopiques C13 sur des fractions, pour la mesure de flux métaboliques

Développements technologiques - R&D

  • Robotisation des broyages et pesées des échantillons,
  • Obtention de signatures métaboliques rapides par RMN du proton à haut débit,
  • Développements en RMN 2D ultrafast et RMN 13C, en collaboration,
  • Analyse MS quantitative d’intermédiaires du métabolisme central
  • Approche lipidomique pour des échantillons végétaux,
  • Transfert des mesures à très haut débit de phénotypage biochimique à différents modèles,
  • Alimentation  d’une bibliothèque / base de données de spectres de composés de référence,
  • Identification de composés par LC-SPE-RMN et RMN multidimensionnelle,
  • Outils bioinformatiques pour le retraitement, la gestion et le partage de spectres RMN,
  • Outils pour la gestion, le partage et l’analyse des données.

 

Mise à disposition d’équipements 

  • Mise en autonomie préalable des utilisateurs puis accompagnement
  • Mise à disposition de plus de 10 équipements:

 

 Approche  Désignation de l'équipement
 Métabolomique-Profils métaboliques haute-densité
  • LCMS MicrOTOf-Q (Bruker)
  • UHPLC-LTQ/Orbitrap (Thermo)
  • UHPLC-Fluo-DAD (Dionex)
  • Spectromètre RMN 500 MHz AVANCE III (Bruker)
  • pH mètre pour extraits pour profils métaboliques ou métabolomiques par RMN (Mettler Toledo)
  • Robot Titration BTpH
 Phénotypage métabolique haut-débit
  • Robots de pipetage Starlet (Hamilton)
  • Lecteurs de microplaques (Safas)
  • Lecteur de microplaques Fluo Xenius (Safas)
  • Broyeur Tissue Lyser II (Retsch)
  • Capper-Decapper pour bouchons à vis (Hamilton)
  • Broyeur Geno-grinder (2 équipements)
 Lipidomique
  • ADC2 (Camag)
  • Robots de dépôts automatiques (Camag Linomat IV ou V)
  • Couplage GC-FID (2 équipements) (Agilent)
  • Couplage GC-MS (Agilent)
  • Couplage UHPLC-LTQ/Orbitrap (Thermo)
 Polyphénols-Identification structurale
  • Spectromètre RMN 600 MHz Avance III (Bruker) avec interface LC et SPE
  • LC-MSn ion-trap (Bruker)
  • Spectromètre UV-Vis CARY 300 (Varian)

 

Prestations connexes

Expertise et analyse des résultats

Exemples d'open data produits sur la Plateforme

Titre des open data Type de données Base de données Identifiant Publication correspondante ou auteurs du set de données
1H-NMR profiling of wheat spikelet samples 1H-NMR spectra INRA Dataverse
DOI:10.15454/ERCVZR
Deborde C, Fontaine J-X, Jacob D et al. Metabolomics (2019) submitted
Maize grains and maize grain-based diets dataset LC-MS and NMR datasets Zenodo
DOI:10.5281/zenodo.1097409
Bernillon S, Maucourt M, Deborde C, et al. (2018) Metabolomics 14:36
https://doi.org/10.1007/s11306-018-1329-9
Representative 1H NMR spectra of extract of trout feed 1H NMR spectra Zenodo
DOI:10.5281/zenodo.1423124
Roques S, Deborde C, Richard N et al. Metabolomics (2018) 14:155
https://doi.org/10.1007/s11306-018-1454-5
Plasma NMR metabolomic of rainbow trout fed diets with marine and plant ingredients 1H NMR spectra & biochemical datasets Zenodo
DOI:10.5281/zenodo.1035257
Gatesoupe F‐J, Fauconneau B, Deborde C, et al. Aquaculture Nutrition (2018) 24:1563
https://doi.org/10.1111/anu.12793
Maize leaf, field conditions, AMAIZING project 1H-NMR spectra & Quantitative data MERY-B
M13001
Lamari, N., Zhendre, V., Urrutia, M. et al. Metabolomics (2018) 14:132
https://doi.org/10.1007/s11306-018-1427-8
Quantitative metabolic profiles of tomato flesh and seeds during fruit development 1H-NMR spectra & Quantitative data Metabolights
MTBLS56
Mounet F, Lemaire-Chamley M, Maucourt M et al. Metabolomics (2007) 3: 273
https://doi.org/10.1007/s11306-007-0059-1

La Plateforme MetaboHub - Bordeaux encourage le partage des spectres et données dans des dépôts de référence comme MetaboLights, zenodo ou INRA Dataverse. Ceci peut faire l'objet de conseils ou d'un accompagnement par la Plateforme lors de la soumission des données.

 

Rendu des résultats et confidentialité

Les résultats sont communiqués à l’utilisateur sous format papier ou électronique. Sans réponse sous 10 jours de la part de l’utilisateur, le rendu est considéré comme accepté et la prestation comme terminée mais le personnel de la Plateforme reste à disposition des utilisateurs pour répondre aux questions, ou aider à la valorisation des résultats et la diffusion des données.

La Plateforme Métabolome met tout en œuvre pour:

  • Garantir un niveau de performance des appareils grâce à un programme de maintenance et un suivi régulier,
  • Accompagner les utilisateurs (étude de faisabilité, mise en autonomie sur les équipements mis à disposition, réalisation en interaction, expertise),
  • Assurer la sauvegarde des données brutes pendant la durée des réalisations.

La Plateforme a une obligation de moyens mais non de résultats. Elle ne pourra donc pas être tenue pour responsable notamment des erreurs commises par les utilisateurs ou de l'arrêt inopiné des équipements.

Confidentialité : La Plateforme s’engage à ne divulguer aucune information relative au projet autre que le nom de l’utilisateur, son unité d’origine et le titre du projet.