Aller au contenu principal

Actualités

Participation à la 1st joint conference SMMAP 2017 (Mass Spectrometry, Metabolomics and Proteomic Analysis 2017)

Laetitia Fouillen, Camille Bernard and Thierry Berton  ont participer au 1st joint conference SMMAP 2017 (Mass Spectrometry, Metabolomics and Proteomic Analysis 2017)

 

NMRProcFlow : un outil développé à Bordeaux est utilisé par la communauté internationale de métabolomique par RMN

NMRProcFlow, un outil web développé par la Plateforme Métabolome de Bordeaux - MetaboHUB, a été utilisé pour un tutoriel concernant le retraitement des données RMN avec le workflow RMN de Phenomenal au cours d’une école  scientifique intitulée « Cloud-Based Metabolomics Data Analysis and Collaboration » in Italy (CloudMET 2017 – 11-15 September  Pula, Italy), par Dr R. Salek (EBI, Cambridge, UK).

NMRProcFlow a aussi été utilisé par une communauté de 846 utilisateurs des cinq continents depuis son lancement en juillet 2016, avec plus de 3 100 sessions. (Stats)

Arrivée d'une nouvelle technicienne sur la plateforme

Amélie Flandin a rejoint la plateforme Metabolome suite à sa reussite au concours TR INRA.

Bienvenue Amélie!

Amelie Flandin

 

Nouvelle-Aquitaine Magnetic Resonance Workshop, Pessac

Les scientifiques et utilisateurs de résonance magnétique et les managers des plates-formes d'IRM/RMN en Nouvelle-Aquitaine se réuniront pour présenter et échanger leurs compétences. Cette réunion servira de base à un futur réseau régional alliant à la fois l'excellence scientifique en  Nouvelle-Aquitaine et l'accès aux équipements de résonance magnétique de très haut niveau. (programme)

4 membres de notre plateforme y étaient présents: Annick Moing, Catherine Deborde, Tristan Richard et Josep Valls Fonayet
 

 

MTH

5iemes Journées Scientifiques de MetaboHUB

Les membres de MetaboHUB se sont retrouvés pour les 5iemes journées scientifiques annuelles sur la côte Atlantique à l’île d’Oléron pour parler sciences, métabolomique, fluxomique et bases de données, du 9 au 12 mai 2017 au CAES du CNRS à Saint Pierre d’Oléron.
Cette année, l’accent a été mis sur la collaboration avec des partenaires privilégies dont MedDay, Le Cancéropole GSO, l’IFB, BiogenOuest (Plateforme CORSAIRE) et Phenome.

9 membres de la plateforme Metabolome de Bordeaux y été présents.

5J MTH

 

March for science : Bordeaux

La plateforme Metabolome de Bordeaux soutient la "marche pour la science "

Initiée en réaction au développement des positions anti-sciences qui constituent une nouvelle forme d’obscurantisme, la Marche pour les Sciences (« March for Science ») est devenue un événement mondial qui aura lieu le 22 avril dans plus de 480 villes à travers le monde. Bordeaux fait partie de la quinzaine de villes françaises qui participeront à ce grand mouvement citoyen.

Grand rendez-vous non partisan entre le public et ses scientifiques, la Marche a ainsi quatre objectifs principaux :
- Défendre l'indépendance et la liberté des recherches scientifiques publiques
- Promouvoir un meilleur dialogue entre sciences et société
- Renforcer la culture scientifique à travers l’enseignement des sciences
- Affirmer que le savoir scientifique doit éclairer la décision politique

La Marche pour les sciences de Bordeaux est coordonnée par un collectif citoyen apolitique, incluant des chercheurs, des enseignant-e-s, des étudiant-e-s et des représentant-e-s du monde associatif.

Quand: Samedi 22 avril 15h

Où : Depuis la Maison éco-citoyenne jusqu'à Cap Sciences (le long des quais)

Salimata Diarrassouba

Nouvelle assistante ingénieure pour MetaboHub

Salimata Diarrassouba a été recruté comme assistante ingénieure pour travailler sur le projet " Analyse lipidomique pour les sphingolipides végétaux" avec laetitia Fouillen dans le cadre de MetaboHub.
Bienvenue Salimata !

La Plateforme Métabolome a développé un logiciel de retraitement des spectres RMN 1D 1H et 13C pour les profils métabolomiques.

Pour la métabolomique basée sur des profils issus d’analyses en spectrométrie RMN, le retraitement des spectres 1D nécessite souvent un œil expert en raison notamment des recouvrements partiels de pics et de certains déplacements incontrôlés de résonances au sein d’un jeu de spectres RMN. L'objectif de NMRProcFlow est d'aider l'expert dans cette tâche de la meilleure façon possible sans avoir besoin de compétences en programmation.

NMRProcFlow a été développé pour être un outil de retraitement des spectres RMN 1D (1H et 13C) graphique et interactif. NMRProcFlow (http://nmrprocflow.org) est dédié aux empreintes métaboliques et à la métabolomique ciblée. Il couvre toutes les étapes de traitement des spectres, la correction de la ligne de base, la calibration de l’échelle des déplacements chimiques, l'alignement des résonances, la réduction des données (bucketing) et la préparation des données de quantification (aires des résonances d’intérêt) à exporter. La transformée de Fourier et le phasage des spectres issus des spectromètres Bruker et Agilent/Varian sont pris en charge. NMRProcFlow permet de sauvegarder et exporter les fichiers de traitement (ligne de base, alignement, bucketing) pour rejouer ces traitements sur un jeu de spectres RMN similaires (i.e. protocoles de préparation de l’échantillon et conditions d’acquisition RMN identiques). Les biologistes et les spectroscopistes RMN peuvent interagir facilement et développer des synergies en visualisant les spectres RMN avec le niveau du facteur expérimental d’intérêt.

L’outil est utilisable en ligne ou téléchargeable (version PC ou Linux).

Référence bibliographique

Jacob D, Deborde C, Lefebvre M, Maucourt M, Moing A (2017) NMRProcFlow: A graphical and interactive tool dedicated to 1D spectra processing for NMR-based metabolomics. Metabolomics 13: 36. DOI 10.1007/s11306-017-1178-y

Recrutement Concours INRA : Technicien MS

L'INRA ouvre au concours un poste de Technicien-ne de Recherche en spectrométrie de masse sur la plateforme Métabolome de Bordeaux au sein de l'équipe Métabolisme de l'UMR1332 Biologie du Fruit et Pathologie.

Pour plus d'information, consulter les informations sur la campagne de recrutement et le profil du poste TR17-BAP-5 sur le site institutionnel de l'INRA.

La clôture des inscriptions est fixée au 16 mars 2017.

 

Offre d'emploi: CDD AI 9 mois : Analyse lipidomique pour les sphingolipides végétaux

Poste Pourvu.

Au sein de la plateforme lipidomique, hébergé par le laboratoire de biogenèse membranaire, la personne recrutée participera activement à la mise en place de méthodes  d’analyse (identification et quantification) de sphingolipides végétaux par TLC, GC-MS et LC-MS.

Début: 27 février 2017

Candidature à déposer avant le 1er février à laetitia.fouillen@u-bordeaux.fr

Plus d'informations